【国家森林公园】

照壁山国家森林公园、天池国家森林公园、那拉提国家森林公园、巩乃斯国家森林公园、贾登峪国家森林公园、白哈巴国家森林公园、唐布拉国家森林公园、奇台南山国家森林公园、科桑溶洞国家森林公园、金湖杨国家森林公园、巩留恰西国家森林公园、哈密天山国家森林公园、哈日图热格国家森林公园、乌苏佛山国家森林公园

【国家级自然保护区】

阿尔金山国家级自然保护区、罗布泊野骆驼国家级自然保护区、巴音布鲁克国家级自然保护区、托木尔峰国家级自然保护区、西天山国家级自然保护区、甘家湖梭梭林国家级自然保护区、哈纳斯国家级自然保护区、塔里木胡杨林国家级自然保护区、艾比湖湿地国家级自然保护区

【国家级风景名胜区】

天山天池风景名胜区、库木塔格沙漠风景名胜区、博斯腾湖风景名胜区、赛里木湖风景名胜区、罗布人村寨风景名胜区

【国家地质公园】

新疆布尔津喀纳斯湖国家地质公园（冰川遗迹、流水地貌；蒙古族人图瓦文化、图鲁克岩画）、新疆奇台硅化木——恐龙国家地质公园（硅化木、恐龙化石、雅丹地貌；古遗址、古地貌）、新疆天山天池国家地质公园、新疆库车大峡谷国家地质公园、新疆吐鲁番火焰山地质公园

【全国重点文物保护单位】

乌鲁木齐市：乌拉泊古城

吐鲁番地区：高昌故城、雅尔湖故城（交河故城）、柏孜克里克千佛洞、苏公塔、阿斯塔那古墓群、台藏塔遗址、洋海墓群、吐峪沟石窟、坎儿井地下水利工程

哈密地区：白杨沟佛寺遗址、大河古城、焉不拉克古墓群、五堡墓群、哈密回王墓

和田地区：尼雅遗址、圆沙古城、安迪尔古城遗址、热瓦克佛寺遗址、山普拉古墓群、丹丹乌里克遗址、麻扎塔格戍堡址

阿克苏地区：克孜尔千佛洞、库木吐喇千佛洞、苏巴什佛寺遗址、森木塞姆千佛洞、克孜尔尕哈烽燧、克孜尔尕哈石窟、通古斯巴西城址

喀什地区：阿巴和加麻札（墓）、莫尔寺遗址、石头城遗址、艾提尕尔清真寺、麻赫穆德·喀什噶里墓、叶尔羌汗国王陵

克孜勒苏自治州：艾比甫·艾洁木麻扎

巴音郭楞自治州：楼兰故城遗址、孔雀河烽燧群、罗布泊南古城遗址、楼兰遗址、七格星佛寺遗址、察吾乎古墓群、扎滚鲁克古墓群、楼兰墓群

昌吉自治州：北庭故城遗址

博尔塔拉自治州：阿日夏特石人墓

伊犁自治州：伊犁将军府、奴拉赛铜矿遗址、三海子墓葬及鹿石、切木尔切克石人及石棺墓群、吐虎鲁克·铁木尔汗麻扎、昭苏圣佑庙、平定准噶尔勒铭碑、速檀·歪思汗麻扎、靖远寺、塔城红楼、三区革命政府政治文化活动中心旧址

图木舒克市：托库孜萨来遗址